海運直接抵達

包船：目前從臺灣本島並沒有固定交通船前往澎湖南方四島，需要與高雄或臺南當地娛樂漁船接洽包船前往，航行至東吉嶼約2.5~3小時。

海運轉乘海運

（1）臺灣-馬公/望安島（海運）：
由高雄或嘉義搭乘遊輪至馬公，航程分別為4.5小時及90分鐘，馬公至望安島需再轉乘交通船，航程約40~60分鐘。
（2）馬公/望安島-四島（海運）：
再由馬公/望安島包船，航程約為30~60分鐘或至望安島搭乘不定期交通船前往，航程約為30~40分鐘（交通船資訊可向望安鄉公所或警察局查詢）。